Своеобразную оценку Наливкину дал Заки Валиди Тоган, социалист и тюркский (башкирский) националист. В своих «Воспоминаниях» он писал, что познакомился с Наливкиным в 1913 году в Самаре через Алихана Букейханова, бывшего депутата I Думы из числа казахов и одного из будущих лидеров «Алаш­орды». Заки Валиди Тоган упоминает научные труды Наливкина, в том числе говорит о книге «Туземцы раньше и теперь», «полной чувства любви к туркестанцам». По мнению мемуариста, «…Наливкин был социалист и хороший человек, он верил в право каждого на справедливость…» , но его ошибкой, которая многого стоила «туркестанской демократии», было стремление наладить сотрудничество с большевиками; «…трагедия этого советского генерал­губернатора, социалиста, оппортуниста не была случайной: мы и потом видели, как большевики возвышали влиятельных оппортунистов, использовали их в своих целях, а потом уничтожали…» Далее